位于龙川江支流——张二村河北岸一河旁台地之上，西距元谋县城4.5公里，分布面积约5000平方米。分别于1972年、1973年、1999年进行过四次考古发掘，发掘面积共计1021平方米。

四次发掘共清理房屋基址46座、灰坑21个、墓葬61座、祭祀坑2个，并出土陶器、石器、骨器、蚌器、角器、牙器、谷物和动物骨骼等大量种类繁多的遗物。其中房屋分半地穴式房屋、四周挖沟槽再埋柱的地面式房屋、直接埋柱的地面式房屋三类，墓葬主要为竖穴土坑墓、石棺墓、瓮棺墓及圆坑墓，祭祀坑一坑埋狗一坑埋鹿。

大墩子遗址为云南较早发掘的新石器时代遗址，年代介于公元前2500年—前1700年间。正是伴随着该遗址的发掘，云南新石器文化开始以一种独具特色的面貌进入人们的视野，因而大墩子遗址对于云南考古学文化的研究具有标志性的意义。