所长：刘旭

书记：刘正雄

副所长：戴宗品

副所长：朱忠华

主任：范  冕

职能：负责党务、人事、财务、文秘、安全保卫、老干、计划生育、工会、妇女、接待、财产（包括房产、车辆、设施、器材、工具、办公用品等）管理以及基本建设相关文物保护项目洽谈工作，协助单位领导处理日常工作。

主任：朱忠华

职能：负责新石器时代至明清时期的考古调勘、发掘、研究及基本建设的文物影响评估工作，开展相应领域的对外合作与交流活动。

主任：吉学平

职能：负责人类起源阶段至旧石器时代的考古调勘、发掘、研究及基本建设的文物影响评估工作，开展相应领域的对外合作与交流活动。

主任：何  东

职能：负责文物建筑保护工程的调查、评估、规划、勘察设计和技术咨询工作，开展相应领域的对外合作与交流活动。

主任：马波

职能：开展文物科技保护工作；负责所藏文物、标本、档案资料的保管，图书资料的采购、保管和借阅，国内外文物考古信息的收集、编译，云南考古网站的管理；承担东南亚考古研究中心的日常工作。